傳統的水處理方法，一般用沉淀、生物過濾等(好氧法、厭氧法)水處理設施來進 行。這些設施占地面積大，投資昂貴，效果不很理想。有人提出：小麥淀粉廠建在城市污水處理站附近，排出的廢水直接引入污水處理站與城市其他廢水集中處 理。因為淀粉廠排放的廢水中富含BOD物質，其他工業廢水則富含COD物質，一起處理可以提高整個城市的廢水處理效率。反過來說，小麥淀粉廠也可以因此節 約一部分廢水處理的固定資產投資。大型廠投資在200萬元以上。有的小麥淀粉生產工藝，其生產過程用水可以部分循環使用，廢水排放少，這對節約用水和減少 水處理費用有利。但它會使生產過程水中的可溶物濃度逐步升高，對淀粉的白度會造成不良影響。這樣就顯得開放用水工藝效果好，但比較浪費水，污水量也大。
　小麥淀粉加工排出的廢水 也是 一個比較難處理的問題。其原因主要是因為其廢水排放量大，廢水處理的設施投資及運行費用都比較大。小麥淀粉加工排放出的廢水中的固形物主要是麩質和微量淀 粉;可溶物有水溶蛋白和可溶糖類等;還有少量脂質。如果生產過程中用淀粉增白劑，那么水中還會有少量的增白劑殘留物。